Los Alamos National Laboratory (LANL) a anuntat in aceasta saptamana software-ul de bioinformatica pe care l-a creat, Sequedex, pentru a identifica ADN-ul din ciuperci, bacterii, virusuri si alti agenti patogeni, scurtand timpul necesar diagnosticarii anumitor boli de la saptamani la ore.
Software-ul poate accelera, de asemnea, analiza genetica a tumorilor canceroase pentru optiunile si pronosticul de chimioterapie.
Noua versiune LANL a software-ului Sequedex recunoaste modele in secvente ADN scurte si asociaza apoi acele secvente cu filogenia – evolutia genetica a unui organism. Analizeaza o colectie de secvente de fragmente ADN intr-o „maniera similara celei in care se face cautare intr-un browser web”, a declarat Los Alamos.
Sequedex foloseste o lista de termeni de cautare generati din genomii clasificati anterior, pentru a filogenia si functia de secvente ADN.
„Termenii de cautare generati de Sequedex sunt selectati de evolutie, in sensul ca acestia trebuie sa fie prezenti in mai mult de un genom. Fiecare termen este, de asemenea, legat de o ramura din Tree of Life si de un set de una sau mai multe functii biologice” a declarat Laboratorul.
Sequedex clasifica fragmentele ADN de 250.000 de ori mai rapid decat metodele conventionale. Cu Sequedex, un laptop poate analiza secvente ADN mai rapid decat le poate crea orice alt sequencer ADN.
Software-ul, a declarat Lab, poate plasa un patogen in locul sau corespunzator in „Tree of Life”. Acesta, la randul sau, poate ajuta la determinarea bolilor cauzate de patogeni, poate ajuta la selectia unor tinte terapeutice pentru tratamentul impotriva cancerului si poate imbunatati randamentul fermelor de alge, relativ usor de realizat de catre profesionistii in domeniul sanatatii, de cercetatori si de altii.
„Ca parte a testarii, am folosit Sequedex pentru a identifica secvente virus intr-o mostra de sange a unui colaborator din Africa”, a declarat Ben McMahon, om de stiinta al grupului Alamos Theroretical Biology and Biophysics. „In cursul unei dupa-amieze, software-ul a identificat un virus rabic mortal, ceva ce ar fi durat saptamani de lucru prin folosirea metodelor conventionale”.
Crearea acestui software ajuta foarte mult medicina, iar rezultatele bune nu ar trebui sa intarzie sa apara.
